选择离子交换树脂的通常原则是选择交换容量大、易于再生利用、同时使用耐久的树脂。具体而言：
（1）交换容量是离子交换树脂使用性能的一个重要指标，相互交换易于越大则同体积的树脂能吸附的离子越多，一个相互交换周期的制水量也越大。通常情况下，弱酸或弱碱性树脂比强酸或强碱性的树脂交换容量大。另外，在同类型树脂中，由于树脂的交联度有所不同，交换容量也有所不同。通常交联度小的树脂交换容量大；交联度大的树脂交换容量小。因此在选择树脂时要注意。
（2）要根据原水里需要除去离子的性质来选择树脂。如果只需要除去水里相互交换吸附性弱的离子时，则务必选用强酸或强碱性树脂。
（3）要根据出水水质要求来选择树脂。如果只需要部分除盐的系统，可以选用强酸性阳树脂和弱碱性阴树脂相互配合使用。对于务必完全除盐的纯水或高纯水系统，则要选择吸附性较强的强酸性阳离子相互交换树脂和旨碱性阴离子相互交换树脂相互配合使用，以除去较难吸附的离子。
（4）要根据原水里杂质的成分来选择树脂。如原水里有机物较多，或除去离子的半径较大时，应当选用交联孔直径较大的树脂。尽可能的选择高强度多孔性树脂。
（5）用于混合床的树脂，较多的是强酸-强碱性树脂的组合。但要考虑混合床树脂再生利用时分层易于，因此，要求两种树脂的湿真密度之差应大一些，通常应不小于15%～20%。另外，还要考虑到混合床运行时相互交换流速比较大，树脂磨损较为严重的情况，故应选择耐磨性的树脂。
（6）要根据除盐水工艺要求来选择树脂。例如双室床，选用强、弱性树脂相互配合使用，因为弱性树脂易于再生利用，对再生剂的质量要求也比较低，可以利用强性树脂再生后的再生液来再生弱性树脂，这样，再生剂的消耗低，制水成本低。